副厅级事业单位，归省交通厅管理。其主要任务是：

(一)贯彻执行《中华人民共和国航道管理条例》、《中华人民共和国航道管理条例实施细则》、《广东省航道管理条例》等法规以及国家、省有关规定和技术标准，拟订具体管理规定并监督执行。
　　 (二)制订航道发展规划，拟订航道技术等级及航标质量技术指标，组织航道建设前期工作、建设计划的实施，负责航道建设的管理。
　　 (三)负责审批与通航有关的拦河、跨(过)河、临河建筑物的通航标准和技术要求，会同有关部门对通航河流进行综合开发和治理，处理水资源综合利用中与航道有关事宜；发布航道通告，实施与航道有关的水文管理。
　　 (四)负责航道及航道设施的保护；制止偷盗、破坏航道设施和侵占、损坏航道行为；依照国家和省有关航道管理的法规规定，查处有关违法违规行为。
　　 (五)负责航道养护费及航道部门管理船闸的船舶过闸费等规费的征收，并依照有关规定使用和管理。
　　 (六)负责有关航道方面利用外资、对外合作与交流工作。
　　 (七)组织开展航道科学研究、先进技术交流和航道科技进步工作，负责本系统职工的技术业务培训工作。
　　 (八)制订本行业人才发展规划，负责本系统的精神文明建设、职工队伍建设；负责本系统二级单位领导班子和后备干部的考核任免等管理工作。
　　 (九)承办省人民政府和上级主管部门交办的其他事项。

局机关内设9个副处级处（室），核定事业编制86名。其中党委书记、局长各1名，副局长3名，总工程师、总会计师、纪委书记、工会主席各1名，正副处长（主任）27名。

人员经费按国家和省的有关规定征收航道规费及省财政补助,实行收支两条线管理（费改税后由财政核拔）。